近年来，学生社团呈现出蓬勃发展的态势，社团活动也深受学生的广泛欢迎，学生社团在校园文化建设中的地位也愈发突出，但是，学生社团在发展中也存在着较大的不平衡性，存在着一些亟待解决的问题。具体表现为以下几点：
　　一、重视程度不够，科学定位不准。从管理体制来看，目前学校行政、党团、学生会组织与社团保持关心、指导和帮助的关系，但没有明确的行政隶属关系，一般多由团委指导，学校层面上重视不够。有的学校认为学生社团就是单纯的学生课外活动组织，没有充分认识到学生社团在学生培养中的独特作用：它其实就是第一课堂的延伸、补充。有的学校认为社团既然是自发性组织，就没有必要进行任何干预，在组织、场地和经费等方面也重视不够。而团委在指导社团工作时统得过死、抓得太紧，学生社团活动通常由团委安排和组织，社团只能协助上级组织开展活动，经常为团委组织的活动让路，从而挫伤了社团学生干部的工作积极性，导致社团工作缺乏自主性。
　　二、指导力量不够，活动质量不高。各学校目前基本上没有配备社团工作的专职指导老师，学生社团的指导力量主要来自于团委。从整体上看，无论是有专业人士介入的社团，还是由团委老师直接指导的社团，其专业力量和深度都显薄弱和不足。因为社团数量众多，社团活动涉及的知识面要求较宽，光靠团委老师很难实现有的放矢的指导，请专业老师做做面上的指导也许可以，但是要他们经常与学生泡在一起，需要计算一定的教师工作量，有的学校可能做不到。因为学校社团工作一般是公益性的，报酬较低，或者根本没有，这也在一定程度上影响了教师指导社团的积极性。如果缺乏教师指导，社团建设缺乏一定的深度，那么很多具体的社团活动就有可能仅仅是形式上的热闹，而缺乏内涵，最终显得层次不高，效果不好，也降低了社团本身在学生中的吸引力。
　　三、管理制度不健全，管理模式不合理。制度建设是社团事业发展的保证。但学校社团还没有建立完善的规章制度，更没有形成完整的管理体系，内部管理较为混乱。有的学生误以为社团不受任何约束，因而组织纪律观念淡薄，工作随意性很大。而传统的设置制度和管理模式过分强调宏观控制，已经不能适应新形势下社团发展的需要，如过于强调全校社团整体性而影响院系作用的发挥，没有形成学校、院系多级社团，不利于调动院系的积极性；科技创新型和专业交叉类的社团较少，不符合当今世界科技发展的潮流；新兴社团成立和发展太慢，不能满足学生文化生活需求的快速增长；整个社团工作往往一放就乱，一抓就死，等等。
　　四、客观条件受限，活动制约较多。学校对社团重视不够直接导致社团活动经常在场地、设备和经费支持等方面受到限制，这严重制约社团发展。学生社团活动经费一部分来自会员费，一部分来自校团委的支持，有些社团通过公司、企业联系赞助。但随着社团数量和开展活动次数的增加，社团普遍面临着资金短缺的困境。在这种情况下，最终只有在降低社团建设和活动成本上动脑筋了，其结果是大大降低了社团的影响力和社团活动的综合效果。另外，由于学校场地，设施紧张，能够给社团运用的资源微乎其微，即便是租借，有时也会出现时间上的冲突，往往是社团活动为其他活动让路。
　　五、社团干部自身建设有待加强。目前社团干部存在素质能力较差、流动性很大、缺少系统培训等问题，严重影响社团工作的健康发展。部分社团干部以前很少或没有担任学生干部，思想素质和工作能力难以胜任复杂的社团工作。有的团委老师考虑社团干部的实际情况，特别加大对社团工作的指导力度，甚至包办一些具体的工作，这又使得部分社团干部产生依赖思想或不满而退出社团，使社团失去应有的自主性和活力。